Nach dem offiziellen Abbruch der "Aktion T4" 1941 wurden die Euthanasiemorde in den einzelnen Anstalten bis 1945 fortgesetzt. Insbesondere die Wagner von Jauregg-Heil- und Pflegeanstalt "Am Steinhof" entwickelte sich zu einem Zentrum des organisierten Massensterbens. Tödliche Faktoren waren Überbelegung, systematische Vernachlässigung, Medikamentenknappheit, Nahrungsmittelentzug sowie die Ausbreitung von Infektionskrankheiten wie Tuberkulose, Ruhr und Typhus. Die Wechselwirkung zwischen Hunger und Infektionskrankheiten erwies sich als besonders verhängnisvoll.
Dem Zusammenwirken dieser Faktoren erlagen verstärkt jene PatientInnen, die 1943 im Zuge von Sammeltransporten aus rheinländischen und Hamburger Anstalten auf den Steinhof gelangt waren. Die Ausweitung des Luftkrieges lieferte den Anlass, Heil- und Pflegeanstalten in luftgefährdeten Gebieten zu räumen. Tatsächlich dienten diese Patientenverlegungen der Verschleierung der "Todesbeschleunigungen": Von den 550 Personen, die aus Hamburg, Bad Kreuznach und Mönchengladbach nach Wien-Steinhof transferiert wurden, starben bis Ende 1945 über 450; das entspricht einer Sterberate von über 80%.
Dem Hungersterben am Steinhof fielen von 1941 bis 1945 insgesamt mehr als 3.500 Patientinnen und Patienten zum Opfer. Besonders unter dem überzeugten Nationalsozialisten Dr. Hans Bertha, ab 1944 Anstaltsdirektor, wurde die "Euthanasie" am Steinhof intensiviert. Die Sterblichkeit stieg von 13,9% (1941) auf 22,14% (1944) und erreichte 1945 mit 42,76% ihren Höhepunkt.
Dezentrale Anstaltsmorde gab es nicht nur auf dem Steinhof. Auch in anderen Anstalten dienten Medikamente, Injektionen, Nahrungsmittelentzug und dergleichen als Mittel zum Mord. Besonders brutal ging es dabei in den niederösterreichischen Anstalten Gugging und Mauer-Öhling zu, wo der seit 1943 provisorisch eingesetzte Direktor Dr. Emil Gelny praktisch in Eigenregie u. a. mittels eines speziell konstruierten Elektroschockgeräts an die 600 PatientInnen tötete.