Trotz Geheimhaltung ließen sich die Euthanasieverbrechen im Deutschen Reich nicht dauerhaft vor der Öffentlichkeit verbergen. Das Bekanntwerden der Krankenmorde verstärkte bei den Betroffenen - den AnstaltsinsassInnen und ihren Angehörigen - die Bereitschaft zum Widerstand, wobei sie kaum mit Unterstützung seitens des Ärzte- und Pflegepersonals rechnen konnten.
Bereits auf die ersten Transporte vom Steinhof reagierten Angehörige mit Demonstrationen vor der Anstalt, auf die die Behörden mit dem Einsatz von Polizei und SS reagierten. Ein Flugblatt der illegalen KPÖ Graz verurteilte den Abtransport und die Ermordung der Steinhof-PatientInnen. Auch die Alliierten erhielten Kenntnis davon: Die Royal Air Force warf im September 1941 Flugblätter über dem Deutschen Reich ab, in denen über die mörderische Tätigkeit des Dr. Jekelius am Steinhof berichtet wurde.
Die Krankenschwester Anna Wödl, Mutter eines behinderten Sohnes in der Anstalt Gugging, kämpfte entschlossen, aber erfolglos um das Leben ihres Kindes. Sie drang bis in die Reichskanzlei und ins Reichsinnenministerium vor und motivierte zahlreiche andere Angehörige zu Protestschreiben nach Berlin, wo tatsächlich "Wäschekörbe voll Post" aus Wien eintrafen. Wilhelm Roggenthien rettete seine von Hamburg nach Wien-Steinhof verlegte Freundin Wally Hartung vor dem sicheren Hungertod, indem er sich als ihr Verwandter ausgab und nach einigem Tauziehen schließlich ihre Entlassung erreichte.
Massive Proteste gegen die Euthanasie kamen von der katholischen Kirche, die im Sinne ihrer Glaubensgrundsätze für den Schutz des Lebens eintrat. So prangerte der Bischof von Münster Clemens August Graf von Galen in einer Predigt vom 3. August 1941 die Tötung von Geisteskranken und Körperbehinderten offen als Mord an. Ebenso machte der St. Pöltner Diözesanbischof Michael Memelauer in seiner Silvesterpredigt 1941 kein Hehl aus seiner ablehnenden Haltung. Den Abtransport der ihrem Orden anvertrauten Pfleglinge suchte die Salzburger Ordensobere der Barmherzigen Schwestern Anna Bertha von Königsegg vergebens zu verhindern; sie kam in Gestapohaft und wurde gauverwiesen. Die Proteste der Kirche trugen zwar zum offiziellen Abbruch der "Aktion T4" durch Hitler bei, die Fortsetzung der Krankenmorde innerhalb der Anstalten vermochten sie allerdings nicht zu unterbinden.