Unter den Opfern der Euthanasiemorde befanden sich von Anfang an besonders viele jüdische Pfleglinge. In Österreich fungierte die Wagner von Jauregg-Heil- und Pflegeanstalt "Am Steinhof" als Sammelanstalt für psychisch kranke und geistig behinderte Jüdinnen und Juden. Viktor Frankl, Arzt im jüdischen Spital in Wien, und Franziska Löw, Fürsorgerin der jüdischen Gemeinde Wiens, bemühten sich, jüdische PatientInnen zu retten.
Vom Steinhof wurden im Rahmen der "Aktion T4" 1940/41 an die 400 jüdische PatientInnen - zum Teil nach Zwischenaufenthalten in den Anstalten Ybbs und Niedernhart - in die Euthanasieanstalt Hartheim gebracht. Die danach noch am Steinhof Verbliebenen waren dem anstaltsinternen Tötungsprogramm, der Kombination aus systematischer Unterernährung und Infektionskrankheiten ("wilde Euthanasie") doppelt schutzlos ausgesetzt - als Juden und als Psychiatriepatienten. Die Überlebenden deportierte die Zentralstelle für jüdische Auswanderung in Wien im September/Oktober 1942 nach Minsk, wo sie im SS-Lager Maly Trostinec erschossen oder in mobilen Gaskammern erstickt wurden, und in das Getto Theresienstadt.
Die Euthanasiemorde bedeuteten in organisatorischer, personeller und technologischer Hinsicht eine direkte Vorstufe zum Holocaust. Nach dem Abbruch der "Aktion T4" im August 1941 wurde das Personal der Tötungsanstalten zur "Aktion Reinhard", der Ermordung der jüdischen Bevölkerung im besetzten Polen, abkommandiert. So übernahm der frühere Sicherheitschef der Euthanasieanstalt Hartheim Christian Wirth die Leitung des Vernichtungslagers Belzec, sein Stellvertreter Franz Stangl avancierte zum Kommandanten von Sobibor und Treblinka. Die bei der Durchführung der "Euthanasie" gewonnenen Erfahrungen in der industriellen Vernichtung von Menschen - zum Beispiel die Anwendung von Giftgas als Tötungsmethode, die Errichtung stationärer Gaskammern und die Deportationstransporte in einige wenige Vernichtungsstätten - wurden in modifizierter Weise übernommen.